2011-12-01から1ヶ月間の記事一覧
I tweet today. To find the cervical cancer, smear test usually is used. However, the HPV virus infection is known to be the main cause of this cancer, so the importance of HPV screening test is well discussed.The BBC told us that if we sho…
実験結果を棒グラフにするとき、エラーバーを描くことが多かった。 エクセルだとオプションで追加できるから、Rで描けないとまずい。 barplot関数で描くとき これはarrows関数と組み合わせる。 > x <- matrix(sample(1:5,25,replace=TRUE),ncol=5 + ,dimname…
Today, I found a good site for studying breast cancer. That is "アピタル乳がん夜間学校". This site is supported by cancernet.jp and provides the basics for breast cancer once a month. In these lectures, the top doctors lecture to us. We ca…
何気に加わってしまった、R Advent Calender。 みなさんのブログを見ていると、そのレベルの高さに驚いてしまいます。 自分から何が発信できるだろうか…と悩んでみたものの、無い袖も振れず… ということで、開き直ることにしました。 私は14日目の担当で、折…
棒グラフは折れ線グラフに並んで良く使うグラフと思う。 でも、良く使われるからこそ、効果的に使わないと、気持ちが伝わらないんだろうな。棒グラフの使い方に悩んだこともあって、勉強もしたけど、プレゼンに生かせてない気もする。 センスの問題なのかも…
Rは多様なグラフが描けるのが本当におもしろい。凝り出すときりがない。 symbol関数とpchのこと。 でも、pchはHmiscパッケージのshow.pch関数がとても便利です。 こっちにわかりやすい図がありました。Rパッケージガイドブック作者: 岡田昌史,荒木孝治,伊藤…
Kaggle Competition is reported at R Advent Calender by Mr. @isseing333 .In this Kaggle, R is most favorite tools this year. RはKaggleにおける予測モデルコンペによく利用されるツールとして不動の地位を示しているKaggleブログNo Free Hunchによる…
Trastuzumab and Lapatinib have been approved by FDA as the treatment for HER2 positive breast cancer. Trastuzumab is a humanized antibody drug and kills the cancer cells by binding extracellular domain of HER2 receptor and inducing ADCC ac…
Rで3Dプロット scatterplot.3d関数 3D散布図としては、これが一番お手軽と思う。
In US and other countries, a lot of R lectures and meetings were held. Dr. Hoffman announced a new R statistical learning course.I couldn't take this course dwe to living in Japan. I hope that she would upload her text or I could take the …
実はこれ、R Advent Calender用に準備していた日記です。 で・す・が、hoxo_mさんのR advent Calenderで紹介されてしてしまっていたようで… まさに早い者勝ち、弱肉強食ですね…ということで、公開することにしました。
Today, I went to a book store for the X'mas gift for my son.Usually, I was not able to prepare any time to go, so I walked around there. When I go to a book store, I'm willing to checking the corner of Statistics without fail.At that time,…
As I wrote before, TNBC growth is very fast and chemotherapy doesn't always work well.At SABCS2011, Japanese great research was shown. Dr. Ohtani said combination chemotherapy, paclitaxel and FEC, could work as neo-adjuvant chemotherapy to…
I think the time has come, when I read this news.NEG (Next Generation Sequencer) is able to detect the whole genome or transcripts in the cells. On the other hand, TNBC (Triple Negative Breast Cancer) is three biomarker negative, which are…
This month is our 10th Wedding Aniversary. So, I went at lunch with my wife. This restaurant is named "Shizu-tatsu" located in Kamakura, and this would become one of the best restaurant for us.お探しの店舗のページはありませんでした食べログ…
matplot系関数 Rはやっぱり、matrixやdata.frameを使えるのことが一番便利と思っている。 だから、Rを使って「便利だな〜」と始めて思ったのが、matplot関数だったと思う。
Sant Antonio Breast Cancer Symposium(SABCS) is one of most authoritative clinical symposium in Breast Cancer, and SABCS2011 are held at Henry B. Gonzalez Convention Center from 12.6 to 12.10 this year. In SABCS2011, Dr. Bring-he Xu suggest…
Rは数値処理も優れていますが、グラフィックスが充実しているのも素晴らしいと思います。 私がRを始めたきっかけも、書きたいグラフがあって、エクセルじゃどうしても描けなかったことでした。 で、散布図ですが、plot関数がベースになっています。
今週のお題「2011年、買って良かったもの」 今年は震災の影響で自転車がすごく売れたとか。でも私の場合は、子どもの自転車です。 小学1年生になって、今までの自転車が小さくなり、下の子へ引き渡す時期になった。上の子は僕に似て運動神経が良くない。でも…
若い頃、エクセルはマックに無料でついてくるソフトだったけど、いつの間にかワードパーフェクトやパーシュエージョンを真似て、オフィスなって洒落た名前になってしまった。振り返るとすごいことだなぁって思う。 だから、Rで解析してても、エクセルをハン…
Artificial dialysis is the famous treatment to cure the patients who damaged their kidney. In this report, the doctor said that this treatment is very important but we need to think another way to help the patients. However, the media like…
HER2 positive breast cancer shows bad prognosis and cancer growth is so fast. So HER2 positive breast cancer is well focused. However, HER2 positive breast cancer shares 20 ~ 25% in all breast cancer patients.This study focused the other t…
今日はちょっと手抜きですが、オブジェクトの保存と読み込みです。Rは物理メモリで仕事をするので、大きいデータを処理しているとメモリがすぐなくなってしまう。 僕は貧乏なので、とくに深刻です。 だから、save関数とload関数にはお世話になりっぱなしです…
ここからは、前の記事で書いたmatrix1.txt, matrix4.txt, data.frame1.txtを使って話を進めます。Rはスプレッドファイルなら、セパレータを指定すればread.table関数で読み込むことができます。 で、セパレータはタブ区切り、コンマ区切りの場合は、専用にre…
This topic is related to this. In the USA, three guidelines for HPV diagnostic test are published and we are able to get a lot of information from them.Qiagen summarizes these guidelines at this HP. HPV検査に関するガイドラインは、国によっ…
Usually, cancer diagnosis is used tissue biopsy or blood, but lung cancer biopsy is difficult to pick up and the good blood biomarker for lung cancer isn't known. Therefore, I think X-ray is very important tools for lung cancer diagnosis. …
Rで関数が使えるようになると、結果をファイルに書き出したり、外部からファイルを持ってきたりしたくなるはず。書き出す目的は様々ですが、誰かにファイルを渡すために書き出すことが多いような気がする。 そして、受け取った相手はエクセルを使っていたり…
昨日は、あまり意味がない関数だったんで、ちょっと工夫してみる。 vector からNA を除き、上下5% を除外したmean とsd を計算する関数 > trim_mn <- function(x,alpha=.05){ # alpha=.05 がデフォルト値 + x <- sort(x) + x[1:ceiling(length(x)*alpha)] <-…
This news is a little old.After 3.11, we often watch the diagnosis test for the cervical cancer on TV commercial. This message is that diagnostic test is very effective to detect and cure this cancer at early stage. Now main diagnostic tes…
function 関数はR のコードをまとめて一つの関数を作る関数（ややこしい言い方ですが）。 Rになれてくると、ルーチン作業が増えてきて、できれば一発で終わらせたい衝動にかられます。そのとき、この処理をfunction関数でまとめることでスクリプトがシンプル…
